Puno cuenta con una serie de hábitats de una altísima diversidad ecológica, desde el altiplano hasta la selva sur del Perú. En la Reserva Nacional del Titicaca los totorales constituyen el recurso más importante permitiendo múltiples beneficios al ecosistema, incluye áreas de vegetación lacustre y riqueza de fauna, la reserva alberga decenas de especies de aves, peces, mamíferos, reptiles, anfibios e invertebrados. La laguna de Chacas alberga por periodos aves oriundas y migrantes, que combinan armoniosamente con la quietud de las aguas, los mismos que le dan al paisaje, un pintoresco y singular aspecto que causa la admiración de propios y extraños. En cuanto a selva se refiere, Puno nos brinda una joya de la naturaleza, el Parque Nacional de Bahuaja Sonene. En el existen más de mil especies de aves (destacan los guacamayos), cientos de mamíferos, reptiles, anfibios, y peces, así como mil doscientos de mariposas (tiene el récord mundial en cantidad de especies de mariposas). Los objetivos de las reservas nacionales o parques son; la conservación de áreas de alta diversidad biológica y extraordinarias bellezas paisajísticas, así como la protección de la fauna y flora.
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